CS | en

Vyhledávání

Celý intranet Aktuální oblast


Důležité odkazy

dulezite-biocev.pngdulezite-avcr.pngdulezite-ov.pngdulezite-tvt.png

Laboratoř biomolekulárního rozpoznávání

 

bohdan-schneider.jpg
 
Vedoucí
Prof. Ing. Bohdan Schneider, CSc., DSc.
 
Vědecké zaměření
Podstatou veškerých biologických procesů na molekulární úrovni je interakce a rozpoznávání biomolekul - především proteinů a nukleových kyselin. V naší laboratoři studujeme interakce mezi proteiny a nukleovými kyselinami s cílem odhalit faktory zodpovědné za jejich specifické rozpoznávání. Systémy, se kterými pracujeme, studujeme kombinací experimentálních a výpočetních metod. Biomolekuly i jejich komplexy zkoumáme bioinformaticky a pomocí počítačového modelování a výsledky pak využíváme při experimentálním zkoumání pomocí metod molekulárně-biologických a proteomických. Stabilitu a interakce studovaných molekulárních systémů zjišťujeme biofyzikálními a strukturně biologickými technikami.

Více o práci a výsledcích naší laboratoře je možné nalézt na webových stránkách http://biorecognition.structbio.org/

 
 
Studované systémy
Všechny naše studie jsou zaměřeny na biomolekulární systémy s potenciálním lékařským, diagnostickým nebo biotechnologickým užitím. Studujeme:

  • Strukturu, dynamiku a solvataci nukleových kyselin, proteinů a jejich komplexů:
    • strukturní charakterizace rozpoznávání proteinů a DNA unikátními bioinformatickými nástroji
  • Cílené modifikace interakcí protein-protein a protein-DNA: 
    • zvýšení afinity receptoru lidského interferonu γ k jeho ligandu, interferonu
    • řízená evoluce nově vyvinutých proteinových scaffoldů proti cytokinům spojeným s autoimunitní odpovědí

 
Metody

Naše bioinformatické studie se zabývají systematickou analýzou konformačního chování molekul a jejich komplexů za použití:  

  • analýzy dat ze strukturních a sekvenčních databází,
  • molekulárního modelování, počítačových simulací a in silico mutageneze,
  • kvantové mechaniky.

 

Biofyzikálními technikami charakterizujeme biomolekuly, jejich interakce a struktury:

  • termodynamické a spektroskopické techniky (např. termoforéza, povrchová plasmonová resonance (SPR), mikrokalorimetrie, cirkulární dichroismus, fluorescenční spektroskopie, dynamický rozptyl světla, hmotnostní spektrometrie) a krystalografické studie.

 

Proteiny pro naše studia jsou připravovány a purifikovány přímo v laboratoři.

 
Zařízení používané v našem výzkumu 
je poskytováno zejména BTÚ a centrálními laboratořemi centra BIOCEV.

                                                                                                                  

Laboratoř je v rámci programu "Strukturní biologie a proteinové inženýrství" centra BIOCEV zapojena do těchto výzkumných projektů:

                                                                                                                  

Vybrané publikace