CS | en

Vyhledávání

Celý intranet Aktuální oblast


Důležité odkazy

dulezite-biocev.pngdulezite-avcr.pngdulezite-ov.pngdulezite-tvt.png

Laboratoř genové exprese

 

mikael-kubista.jpg
 
Vedoucí
prof. Mikael Kubista, Ph.D.
 
Vědecké zaměření
Laboratoř Mikaela Kubisty je v Evropě vedoucí akademickou laboratoří, která je specializovaná na vysoce kapacitní expresní profilování a jednobuněčnou analýzu pomocí kvantitativní PCR v reálném čase (qPCR). Pracujeme na několika projektech základního výzkumu v oblasti vývojové biologie a kmenových buněk a dále na aplikovaných projektech v oblasti rakoviny a neurologického výzkumu. Vyvíjíme také metody a aplikace pro analýzu nukleových kyselin a naším zájmem je i oblast standardizace.

Projekty vývojové biologie založené na modelovém organismu drápatky pro studium:
  • úlohy signalizace oxidu dusnatého při časném vývoji, regenerace a hojení
  • porovnání genové exprese a signalizačních drah během regenerace a hojení ran,
  • lokalizace maternálních RNA ve vajíčku a jejich distribuce mezi blastomery v časném vývoji.

Hlavní řešitel: Mgr. Radek Šindelka, Ph.D

Spolupráce: University of Notre Dame USA, ÚŽFG AV ČR, v. v. i.

 

Biologie gliových buněk a vývoj/implementace nových metod:

  • charakterizace gliových buněk v poškozené nervové tkáni mozku a v průběhu neurodegenerativních chorob, zejména Alzheimerovy choroby,
  • profilování genové exprese gliových buněk v průběhu stárnutí a jeho vliv na mechanismy ischemie,
  • objasnění úlohy dvou klíčových signalizací Sonic hedgehog a Wnt v proliferaci a diferenciaci NG2-glií v poškozené nervové tkáni mozku,
  • single cell RT-qPCR, ddPCR, miRNA profilování, single cell RNA-Seq.

Hlavní řešitel: Ing. Lukáš Valihrach, Ph.D.

Spolupráce: Ústav experimentální medicíny AV ČR, 2. lékařská fakulta University Karlovy, Ústav molekulární genetiky AV ČR, TATAA Biocenter

 

V oblasti výzkumu rakoviny:

  • používáme unikátní robotický mikroskop (CellCelector) pro morfologické a imunohistochemické rozlišení cirkulujících nádorových buněk a následně panel mRNA markerů pro jejich molekulární charakterizaci (BioMark). Pro zlepšení léčby pacientů plánujeme testy léků na podskupinách těchto agresivních buněk in vitro,
  • charakterizujeme jak a proč probíhá horizontální transfer mitochondriální DNA mezi buňkami.

Hlavní řešitelé: prof. Mikael Kubista, Ph.D. a Mgr. David Švec, Ph.D.

Spolupráce: AdnaGen, TATAA Biocenter, 1. lékařská fakulta University Karlovy, Ústav experimentální medicíny AV ČR

                                                                                                                  

Výzkumný projekt BIOCEV - Expresní profilování na úrovni jedné buňky
Projekt rozvíjí nástroje pro profilovou analýzu exprese genů pomocí vysokokapacitní qRT-PCR na tkáňové, jednobuněčné a sub-buněčné úrovni včetně analýzy multidimenzionálních dat.
Cíle:
  • Vyvinout postup pro profilování - včetně alelomorfního imprintingu - vysokokapacitní exprese na jednobuněčné úrovni pro buněčné fenotypy
  • Výzkum raných stadií vývinu v modelových systémech a objasnění toho, kdy a jakými mechanismy dochází k asymetrii uvnitř rostoucího embrya a jak tato asymetrie vede k diferenciaci buněk
  • Vyvinutí účinnějších metod založených na prevalenci a genotypickém profilování určujících buněk pro diagnostiku, monitorování nemocí a progresi složitých lidských onemocnění, například rakoviny

                                                                                                                  

Vybrané publikace
Laurell, H., Iacovoni, J., Abot, A., Svec, D., Maoret, J.-J., Arnal, J.-F., Kubista, M. Correction of RT-qPCRdata for genomic DNA-derived signals with ValidPrime. Nucleic Acids Research, 40: 1-10, 2012. ISSN 0305-1048.

Slyskova, J., Korenkova, V., Collins, A. R., Prochazka, P., Vodickova, L., Svec, J., Lipska, L., Levy, M., Schneiderova, M., Liska, V., Holubec, L., Kumar, R., Soucek, P., Naccarati, A., Vodicka, P. Functional, Genetic, and Epigenetic Aspects of Base and Nucleotide Excision Repair in Colorectal Carcinoma. Clinical Cancer Research, 18: 5878-5887, 2012. ISSN 1078-0432.
 
Bustin, A., Benes, V., Garson, J. A., Hellemans, J., Huggett, J., Kubista, M., Mueller, R., Nolan, T., Pfaffl, M.V., Shipley, G. L., Vandesompele, J., Wittver, C.T. The MIQE Guidelines: Minimum Information for Publication of Quantitative Real-Time PCR. Experiment Clinical Chemistry, 55: 611-622, 2009. ISSN 0009-9147.
 
Tichopad, A., Kitchen, R., Riedmaier, I., Becker, Ch., Stahlberg, A., Kubista, M. Design and Optimization of Reverse-Transcription Quantitative PCR. Experiment Clinical Chemistry, 55: 1816-1823, 2009. ISSN 0009-9147.
 
Sindelka, R., Jonak, J., Hands, R., Bustin, A., Kubista, M. Intracellular expression profiles measured by real-time PCR tomography in the Xenopus laevis oocyte. Nucleic Acids Research, 36: 387-392, 2008. ISSN 0305-1048.
 
Detailní stránky laboratoře genové exprese