Výzkum se soustředí na pochopení strukturních a funkčních vlastností biologicky významných molekul a jejich interakcí pomocí nástrojů strukturní bioinformatiky a molekulového modelování. V rámci BTÚ a BIOCEV spolupracujeme zejména na analýze strukturních dat, návrhu proteinových mutací a návrhu ligandů a inhibitorů studovaných proteinů.

• Analýza konformačního chování oligopeptidových bloků v proteinech.
• Návrh stabilních proteinových scaffoldů vhodných pro mutagenezi.
• Identifikace proteinových residuí klíčových pro rozpoznávání a sílu interakcí.
• Vývoj a testování výpočetních metod a postupů pro modelování struktury a vlastností biomolekul a jejich komplexů.
• Vývoj nových výpočetních metod a parametrů pro popis vlastností a interakcí navržených ligandů a inhibitorů.

• Homologní modelování.
• Molekulová dynamika (MD).
• Ab initio kvantově chemické výpočty.
• In silico mutageneze.
• Dokování protein/protein a ligand/protein.

Cerny, J., Bozikova, P., Balik, A., Marques, S.M., Vyklicky, L. NMDA Receptor Opening and Closing-Transitions of a Molecular Machine Revealed by Molecular Dynamics. Biomolecules, 9(10): 546, 2019. doi: 10.3390/biom9100546. ISSN: 2218-273X.

Cerny, J., Biedermannova, L., Mikulecky, P., Zahradnik, J., Charnavets, T., Sebo, P., Schneider, B. Redesigning protein cavities as a strategy for increasing affinity in protein-protein interaction. Interferon-γ receptor 1 as a model. BioMed Research International, ID 716945, 2015. doi: 10.1155/2015/716945. eISSN 2314-6141.

Schneider, B., Gelly, J. C., de Brevern, A. G., Cerny, J. Local dynamics of proteins and DNA evaluated from crystallographic B factors. Acta Crystallographica Section D, 70(9): 2413-2419, 2014. doi: 10.1107/S1399004714014631. ISSN 1399-0047.

Schneider, B., Cerny, J., Svozil, D., Cech, P., Gelly, J. C., de Brevern, A. G. Bioinformatic analysis of the protein/DNA interface. Nucleic Acids Research, 42(5): 3381-3394, 2014. doi: 10.1093/nar/gkt1273. ISSN 0305-1048.

Cech, P., Kukal, J., Cerny, J., Schneider, B., Svozil, D. Automatic workflow for the classification of local DNA conformations. B M C Bioinformatics 14:205, 2013. doi: 10.1186/1471-2105-14-205. ISSN 1471-2105.