Gene Core - Kvantitativní a digitální PCR

Jsme akademické pracoviště poskytující služby specializované zejména na analýzu genové exprese pomocí kvantitativní polymerázové řetězové reakce (qPCR).

Jedna molekula – jedna buňka – jeden příběh

BIOCEV – GeneCore je jedním z nejlépe vybavených poskytovatelů služeb v oblasti genové exprese ve střední Evropě. Máme bohaté zkušenosti s kontrolou kvality experimentu (RNA/DNA spike, ValidPrime, interplate kalibrátor, kvalita RNA/DNA), v single-cell analýze (ALS Cellcelector), vysokokapacitní a digitální PCR (Fluidigm BioMark, BioRad QX200 Droplet digital PCR systém) i v přípravě NGS knihoven (Chromium 10X Genomics).

Klademe důraz na kontrolu kvality, která je v experimentech často opomíjena. Efektivní kontrola kvality spočívá především ve využití molekulárních nástrojů pro kontrolu kontaminace, genomického pozadí i kvality RNA. Zabýváme se i vývojem těchto metod, které usnadňují a zpřesňují analýzu genové exprese a to až na úroveň jednotlivých buněk (ΔAmp).

Kromě konvenčních analýz qPCR se zaměřujeme i na analýzu jednotlivých buněk a multi-analytický přístup. Společně s profilováním genové exprese analýzou DNA/RNA/protein z jednoho vzorku a to až na úroveň jedné buňky tak nabízíme komplexní nástroj ke zmapování exprese ve vzorku pro charakterizaci typů buněk, stanovení stupně diferenciace i ke studiu jejich patologického stavu.

Nově zavádíme metody pro přípravu experimentálního designu RNA-Seq knihoven, kde efektivní protokol představuje prvotní předpoklad pro úspěšný projekt. Poskytujeme servis přípravy RNA knihoven pomocí nejmodernější technologie Chromium Single Cell Gene Expression od 10XGenomics A také novou ultra sensitivní techniku pro analýzu malých molekul RNA (microRNA). Základem nové metody, nazvané Two-tailed PCR je inovativní, patentově chráněná struktura DNA-oligonukleotidu sloužícího pro záchyt molekul microRNA. Díky svým dvou vazebným místům zaručuje mimořádnou kombinaci sensitivity a specificity.

Kromě velmi komplexních a pokročilých studií poskytujeme základní PCR analýzy, design primerů a prób. Taktéž validaci qPCR systémů pro testování genové exprese nebo genotypování. Veškerá instrumentace je přístupná pro institucionální nebo návštěvnické uživatele. Taktéž naši zkušení laboratorní experti jsou vám ochotní pomoct s nastavením zařízení nebo analýzou výsledků.

Franko Filip, Mgr.
Langerová Lucie, Ing.
Rohlová Eva, Ing.
Švec David, Mgr., Ph.D.

Služby

  • Izolace nukleových kyselin a jejich kontrola kvality
  • Primer design (qPCR a dPCR)
  • qPCR vysokokapacitní qPCR (genová exprese, genotyping)
  • digitální PCR (analýza variant v počtu kopií, SNP nebo absolutní kvantifikace)
  • Single-cell analýza
  • Příprava knihoven, kontrola kvality a experimentální design pro RNA-Seq analýzu

Přístroje

  • CFX96 // BioRad // qPCR
  • CFX384 // BioRad // qPCR
  • LightCycler 480 II // Roche // qPCR
  • QX200 // Biorad // dPCR
  • Biomark // Fluidigm // vysokokapacitní qPCR
  • EpMotion P5073 // Eppendorf // pipetovací robot
  • Fragment Analyzer // Agilent // kapilární elekroforéza pro kontrolu kvality nukleových kyselin
  • CellCelector™// ALS // automatický systém pro sběr jednotlivých buněk
  • NanoDrop 8000 // Thermo Fisher Scientific // spektrofotometr
  • Chromium Controller // 10x Genomics // příprava knihoven pro single cell analýzu