Centrum molekulární struktury

Technologie pro strukturní a biofyzikální analýzu biomolekul

Uživatelé Centra molekulární struktury jsou povidni v publikacích uvádět poděkování CIISB v následující formě:

CIISB, Instruct-CZ Centre of Instruct-ERIC EU consortium, funded by MEYS CR infrastructure project LM2018127 and European Regional Development Fund-Project „UP CIISB“ (No. CZ.02.1.01/0.0/0.0/18_046/0015974), is gratefully acknowledged for the financial support of the measurements at the CF [name of the unit/CF].

Provoz

Všechny přístroje jsou v provozu

Nová vedoucí CF Produkce proteinů

Na začátku května  2022 jsme v CMS přivítali novo vedoucí CF Produkce proteinu, Miroslavu Alblovou. Se všemi souvisejícími záležitostmi ji neváhejte kontaktovat na miroslava.alblova@ibt.cas.cz nebo v místnosti I1.007.

Přejeme Mirce spoustu úspěšných projektů a spokojených uživatelů-

Akce a školení

ISIDORe – Otevřeno pro přihlášky

Projekt ISIDORe - "Integrated Services for Infectious Disease Outbreak Research” oficiálně začal v únoru 2022 a nyní je možné podávat přihlášky uživatelských projektů. Evropský projekt s financováním v celkové výši 21 mil. € propojuje nebývalé portfolio špičkových výzkumných služeb a technologií aplikovatelných na lidské zdraví, pro základní i aplikovaný výzkum. Projekt je dedikovaný studiu nemocí s epidemickým potenciálem, včetně variant SARS-CoV-2.

Více informací a přihláškový formulář najdete na https://isidore-project.eu

MOSBRI – Nová evropská výzkumná infrastruktura pro molekulární biofyziku

 Program Evropské unie Horizont 2020 INFRAIA udělil grant ve výši 5 milionů EUR projektu MOSBRI (Molecular-Scale Biophysics Research Infrastructure, https://www.mosbri.eu). Jedná se o konsorcium 13 akademických center excelence a 2 průmyslových partnerů z 11 různých evropských zemí, koordinovaných Pasteur Institutem (Paříž, Francie). Jedním z partnerů projektu je Biotechnologický ústav AV ČR, v. v. i. z centra BIOCEV.

 MOSBRI umožní vytvořit výzkumnou infrastrukturu kombinující unikátní přístroje a odbornost jednotlivých partnerských laboratoří, což umožní řešit neobvykle širokou škálu otázek výzkumu biologických věd. Rovněž bude šířit své know-how prostřednictvím rozsáhlého programu vzdělávacích seminářů a konferencí, zvláště vhodných pro začínající výzkumné pracovníky a všechny, pro které je tento obor něčím novým.

 Projekt MOSBRI bude zahájen 1. července 2021.

Přihlašování projektů

Přihlašovaní projektů pro produkci proteinů je nyní možné pomocí standardního formuláře na webu CIISB. Detaily v zde.

Nové vybavení

Krystalizační hotel Formulatrix RI182

Automatický screening krystalizařních podmínek je nyní možný i za snížené teploty, díky novému krystalizačnímu hotelu RI182. Hotel je nyní dostupný uživatelům. Více informací zde.

Nový hmotnostní spektrometr

CF Hmotnostní spektrometrie byla posílena pořízením přístroje timsTOF Pro.

Všestraný pipetovací robot OT-2

Řady přístrojů v CMS v červnu rozšířil pipetovací robot OT-2 od firmy Opentrons. Tato otevřená platforma umožňuje aplikace v celé řadě úloh. V CMS bude pomáhat zejm. při přípravě experimetů pro CF Biofyzikální Metody a CF Kraystalizace protein a nukleových kyselin.

Od uživatelů

Laboratoř Dr. Bouři (ÚOCHB Praha) realizovala měření pro svou studii komplexu SARS-CoV-2 methyltransferasy v difrakční facilitě CMS. Jejich výsledky publikované v Nat Commun 11, 3717 (2020). https://doi.org/10.1038/s41467-020-17495-9, ukazují vysokou konzervovanost aktivního místa tohoto komplexu mezi viry SARS-CoV-2 a SARS-CoV. 

Centrum molekulární struktury (CMS) poskytuje špičkové vybavení, expertízu a služby pro charakterizaci biologických molekul a pro strukturní analýzu. CMS nabízí služby v režimu Open Access pro interní uživatele z BTÚ, pro ostatní akademické pracovníky a pro zákazníky z oblasti průmyslu. Pracoviště jsou provozována jako součást České infrastruktury pro integrativní strukturní biologii (CIISB) a patří pod české národní centrum evropské výzkumné infrastruktury INSTRUCT ERIC. Servisní pracoviště školí české a zahraniční studenty a mladé vědce formou různých workshopů po celý rok.

Děkování uživatelů v publikacích

Uživatelé Centra molekulární struktury jsou povidni v publikacích uvádět poděkování CIISB v následující formě:

CIISB, Instruct-CZ Centre of Instruct-ERIC EU consortium, funded by MEYS CR infrastructure project LM2018127 and European Regional Development Fund-Project „UP CIISB“ (No. CZ.02.1.01/0.0/0.0/18_046/0015974), is gratefully acknowledged for the financial support of the measurements at the CF [name of the unit/CF].

Nebo ve zkrácené variantě:

We acknowledge CMS-Biocev ("Biophysical techniques, Crystallization, Diffraction, Structural mass spectrometry”) of CIISB, Instruct-CZ Centre, supported by MEYS CR (LM2018127) and CZ.02.1.01/0.0/0.0/18_046/0015974.

Servisní pracoviště

Servisní pracoviště Biofyzikální metody

Servisní pracoviště Biofyzikální metody umožňuje stanovení kvality, stability a interakčních vlastností stovek biomolekulárních vzorků v rámci mnoha strukturně-biologických projektů, ať už v rámci běžné kontroly kvality, detailní analýzy vlastností nebo optimalizace molekulárních konstruktů či pracovních protokolů.

Servisní pracoviště Krystalizace proteinů a nukleových kyselin

Servisní pracoviště Krystalizace proteinů a nukleových kyselin umožňuje uskutečnění tisíců krystalizačních pokusů za použití robotického nebo manuálního nasazování, automatický monitoring růstu krystalů, experimenty za zvolených teplot nebo za definovaných podmínek, za účelem přípravy vzorků k dalším krystalografickým studiím.

Servisní pracoviště Difrakční techniky

Servisní pracoviště Difrakční techniky se věnuje difrakční analyze a nabízí ověřování kvality krystalů, testování krystalů in situ, sběr a zpracování difrakčních dat z monokrystalů, měření maloúhlové difrakce (SAXS) s robotických nasazením vzorku a online UV-VIS detekcí, a zpracování dat ze SAXSu. Za rok jsou zpracovány stovky vzorků buď samotnými uživately nebo za pomoci našich zaměstnanců.

Servisní pracoviště Hmotnostní spektrometrie

Servisní pracoviště Hmotnostní spektrometrie poskytuje analýzu stovek vzorků a podporuje mnoho interních a externich strukturně-biologických projektů. Hlavním zaměřením služeb je monitorováni strukturních změn proteinů a protein-proteinové interakce pomocí chemického zesíťování a vodík-deuteriové výměny.

Servisní pracoviště Produkce proteinů

Servisní pracoviště Produkce proteinů poskytuje služby pokrývající klonování DNA a přípravu DNA plazmidů, expresi proteinů v expresních systémech bakterií E. coli a purifikaci rekombinantních proteinů. Naše služby mohou zahrnovat i optimalizaci expresních a purifikačních protokolů, ověřování identity a čistoty produkovaných proteinů a měření jejich koncentrací.

 Poděkování

Centrum molekulární struktury je finančně podporováno z projektu MEYS (LM2018127), Česká infrastruktura pro integrativní strukturní biologii (CIISB), CIISB4HEALTH (CZ.02.1.01/0.0/0.0/16_013/0001776), UP CIISB (CZ.02.1.01/0.0/0.0/18_046/0015974), a ELIBIO (CZ.02.1.01/0.0/0.0/15_003/0000447)

Další informace

Jak se přihlásit k měření: https://stigmator.ceitec.muni.cz/project_form/

Česká infrastruktura pro integrativní strukturní biologii https://www.ciisb.org/

Webové stránky CMS na BIOCEV https://www.biocev.eu/cs/infrastruktury-a-servisni-laboratore/centrum-molekularni-struktury.3

Konsorcium evropské výzkumné infrastruktury https://www.instruct-eric.eu/centre/biocev/

Prosím kontaktujte Ing. Jan Dohnálek, Ph.D. pro vice informací.


Alblová Miroslava, RNDr., Ph.D.
Dohnálek Jan, Ing., Ph.D.
Dzmitruk Volha
Charnavets Tatsiana, Ph.D.
Klepoch Marco
Nepokojová Tereza, Mgr.
Pavlíček Jiří, RNDr., Ph.D.
Pompach Petr, RNDr., Ph.D.
Schneiderová Magdalena, Mgr.
Stránský Jan, Ing., Ph.D.
Škultétyová Ľubica, RNDr., Ph.D.
Vaňková Pavla, Mgr., Ph.D.

CF Biophysical methods

  • Characterisation of intermolecular interactions
    • Calorimetry
    • Surface plasmon resonance
    • Microscale thermophoresis
  • Charcterisation of molecular state in solution
    • CD spectrometry
    • Dynamic light scattering
    • Diferential scanning fluorescence
  • Time resolved spectroscopies

CF Crystallization of Proteins and Nucleic Acids

  • Classical and robotic crystallogenesis with remote experiment monitoring in three dedicated laboratories with strictly controlled temperature regimes with full backup
    • Room temperature
    • Cold room
    • Warm room
  • Automated screening of variation of crystallization conditions and its effects
    • Room temperature
    • Cold room
  • Anaerobic crystallization and manipulation of biomacromolecules

CF Diffraction Methods

  • Single crystal X-ray diffraction
    • Cryo conditions
    • Room temperature
    • Controlled humidity or crysal dehydratation
    • In-situ in crystallization plates
  • Small angle X-ray scattering
    • Characterization in solution
    • Automatic measurements
    • In-situ UV-Vis spectroscopy
    • SEC-SAXS

CF Structural Mass Spectrometry

  • Separation of protein mixtures
  • Intact protein analysis
  • Peptide/protein/metabolite profiling
  • Protein identification
  • Characterization of protein modifications
  • Protein/metabolite quantification
  • Protein surface covalent labelling
  • Chemical cross-linking
  • H/D exchange
  • Data processing and interpretation of mass spectrometric data

CF Protein Production

  • Cloning services
    • DNA plasmid preparation
    • Cloning using traditional restriction enzymes
    • Restriction-free methodology
  • Recombinant Protein Production
    • Protein expression in E. coli expression systems
    • Purification using standard techniques and chromatography systems
    • Optimization of expression and purification protocols
    • Protein identity and purity testing
    • Determination of protein concentration

CF Biophysical Methods

contact: Tatsiana Charnavets

  • Surface Plasmon Resonance (SPR) system ProteOn XPR36 (BioRad)
  • Circular dichroism (CD) spectrometer Chirascan Plus (Applied Photophysics)
  • Monolith microscale thermophoresis (MST) NT.115 (Nano Temper)
  • Monolith microscale label free thermophoresis NT.LabelFree (Nano Temper)
  • Isothermal titration calorimeter MicroCal iTC200 (Malvern Panalytical)
  • Dynamic light scattering (DLS) technique  Zetasizer Nano ZS90 (Malvern Panalytical)
  • Multi-angle dynamic light scattering (MADLS) technique Zetasizer Ultra (Malvern Panalytical)
  • Differential scanning fluorescense (DSF) assay Prometheus NT.48 (Nano Temper)
  • UV/Vis Spectrometer Specord 50 Plus (Analytica Jena)
  • Modular fluorescence spectrometer FLS1000 (Edinburgh Instruments)
  • with SuperK EXTREME, a supercontinuum white light laser (NKT Photonics)
  • FTIR spectrometer Vertex 70v (Bruker)
  • SPARK (TECAN)
  • OCTET R8 (Sartorius)

CF Crystallization of proteins and nucleic acids

contact: Jiří Pavlíček

  • Crystallization robots
    • Gryphon (Art Robbins)
    • NT8 (Formulatrix)
  • General purpose pipetting robot OT-2 (Opentrons)
  • Crystallization hotel RI1000 (Formulatrix)
  • Crystallization hotel RI182 (Formulatrix) in low temperature
  • Stereomiroscopes (Olympus)
  • Cold room, warm room
  • Cryo storage for crystals
  • Glovebox with stereomicroscope (GS)
  • SpectroLight 600 (Xtal Concepts)
  • SONICC (Formulatrix)
  • Vitrobot (Thermo Scientific)

CF Diffraction techniques

contact: Jan Stránský

  • D8 Venture (Bruker)
    • MetalJet D2 X-ray source (Excillum)
    • 4-circle goniometer
    • Detector Photon III 28
    • CryoStream 800 (Oxford Cryoscience)
    • In-situ plate holder ISX stage (Bruker)
    • Hummidity control HClab (Arinax)
  • SAXSpoint 2.0
    • MetalJet C2+ Xray source (Excillum)
    • Detector EIGER R 1M (Dectris)
    • ASX autosampler
    • CaryUV 60 (Agillent)
    • AktaGO (GE Healthcare)

CF Structural Mass Spectrometry

contact: Petr Pompach

  • 15T-SolariX XR FT-ICR mass spectrometer (Bruker Daltonics)
  • HPLC, UPLC (Agilent Technoligies)
  • Excimer laser (Coherent)
  • MALDI-TOF (Bruker Daltonics)
  • timsTOF Pro mass spectrometer (Bruker Daltonics)
  • HDX robot (Ophir Analytical)

Služby Centra molekulární struktury jsou dostupné i zájemcům z komerční sféry. Pro více detailů, prosím kontaktujte Jana Dohnálka.

Nabídka služeb CMS ke stažení ZDE

D8 HClab

D8 HClab

FLS1000

FLS1000

Formulatrix1000

Formulatrix1000

Gryphon

Gryphon

Mass Spectrometry

Mass Spectrometry

NT8

NT8

SEC-SAXS

SEC-SAXS

Specord50plus

Specord50plus

Vertex70V

Vertex70V

Seznam školení, workshopů a kurzů je dostupný pouze v angličtině zde.