Centrum molekulární struktury

Technologie pro strukturní a biofyzikální analýzu biomolekul

Provoz

Všechny přístroje jsou v provozu

Přístup do CMS jsou vyžadovány roušky. Prosíme dodržování vhodných hygienických návyků jako prevence COVID-19.

Prosíme, plánujte své experimenty po předchozí domluvě dostatečně dopředu.

Akce a školení

MOSBRI – Nová evropská výzkumná infrastruktura pro molekulární biofyziku

Program Evropské unie Horizont 2020 INFRAIA udělil grant ve výši 5 milionů EUR projektu MOSBRI (Molecular-Scale Biophysics Research Infrastructure, https://www.mosbri.eu). Jedná se o konsorcium 13 akademických center excelence a 2 průmyslových partnerů z 11 různých evropských zemí, koordinovaných Pasteur Institutem (Paříž, Francie). Jedním z partnerů projektu je Biotechnologický ústav AV ČR, v. v. i. z centra BIOCEV.

MOSBRI umožní vytvořit výzkumnou infrastrukturu kombinující unikátní přístroje a odbornost jednotlivých partnerských laboratoří, což umožní řešit neobvykle širokou škálu otázek výzkumu biologických věd. Rovněž bude šířit své know-how prostřednictvím rozsáhlého programu vzdělávacích seminářů a konferencí, zvláště vhodných pro začínající výzkumné pracovníky a všechny, pro které je tento obor něčím novým.

Projekt MOSBRI bude zahájen 1. července 2021.

Nová CF Produkce proteinů

CMS bylo rozšířeno o jednotku specializovanou na rekombinantní produkci produkci proteinů. Více zde

Přihlašování projektů

Přihlašovaní projektů pro produkci proteinů je nyní možné pomocí standardního formuláře na webu CIISB. Detaily v zde.

Nové vybavení

Krystalizační hotel Formulatrix RI182

Automatický screening krystalizařních podmínek je nyní možný i za snížené teploty, díky novému krystalizačnímu hotelu RI182. Hotel je nyní dostupný uživatelům. Více informací zde.

Nový hmotnostní spektrometr

CF Hmotnostní spektrometrie byla posílena pořízením přístroje timsTOF Pro.

Všestraný pipetovací robot OT-2

Řady přístrojů v CMS v červnu rozšířil pipetovací robot OT-2 od firmy Opentrons. Tato otevřená platforma umožňuje aplikace v celé řadě úloh. V CMS bude pomáhat zejm. při přípravě experimetů pro CF Biofyzikální Metody a CF Kraystalizace protein a nukleových kyselin.

Od uživatelů

Laboratoř Dr. Bouři (ÚOCHB Praha) realizovala měření pro svou studii komplexu SARS-CoV-2 methyltransferasy v difrakční facilitě CMS. Jejich výsledky publikované v Nat Commun 11, 3717 (2020). https://doi.org/10.1038/s41467-020-17495-9, ukazují vysokou konzervovanost aktivního místa tohoto komplexu mezi viry SARS-CoV-2 a SARS-CoV.

Centrum molekulární struktury (CMS) poskytuje špičkové vybavení, expertízu a služby pro charakterizaci biologických molekul a pro strukturní analýzu. CMS nabízí služby v režimu Open Access pro interní uživatele z BTÚ, pro ostatní akademické pracovníky a pro zákazníky z oblasti průmyslu. Pracoviště jsou provozována jako součást České infrastruktury pro integrativní strukturní biologii (CIISB) a patří pod české národní centrem evropské výzkumné infrastruktury INSTRUCT ERIC. Servisní pracoviště školí české a zahraniční studenty a mladé vědce formou různých workshopů po celý rok.

Servisní pracoviště Biofyzikální metody

Servisní pracoviště Biofyzikální metody umožňuje stanovení kvality, stability a interakčních vlastností stovek biomolekulárních vzorků v rámci mnoha strukturně-biologických projektů, ať už v rámci běžné kontroly kvality, detailní analýzy vlastností nebo optimalizace molekulárních konstruktů či pracovních protokolů.

Servisní pracoviště Krystalizace proteinů a nukleových kyselin

Servisní pracoviště Krystalizace proteinů a nukleových kyselin umožňuje uskutečnění tisíců krystalizačních pokusů za použití robotického nebo manuálního nasazování, automatický monitoring růstu krystalů, experimenty za zvolených teplot nebo za definovaných podmínek, za účelem přípravy vzorků k dalším krystalografickým studiím.

Servisní pracoviště Difrakční techniky

Servisní pracoviště Difrakční techniky se věnuje difrakční analyze a nabízí ověřování kvality krystalů, testování krystalů in situ, sběr a zpracování difrakčních dat z monokrystalů, měření maloúhlové difrakce (SAXS) s robotických nasazením vzorku a online UV-VIS detekcí, a zpracování dat ze SAXSu. Za rok jsou zpracovány stovky vzorků buď samotnými uživately nebo za pomoci našich zaměstnanců.

Servisní pracoviště Hmotnostní spektrometrie

Servisní pracoviště Hmotnostní spektrometrie poskytuje analýzu stovek vzorků a podporuje mnoho interních a externich strukturně-biologických projektů. Hlavním zaměřením služeb je monitorováni strukturních změn proteinů a protein-proteinové interakce pomocí chemického zesíťování a vodík-deuteriové výměny.

Poděkování

Centrum molekulární struktury je finančně podporováno z projektu MEYS (LM2018127), Česká infrastruktura pro integrativní strukturní biologii (CIISB), CIISB4HEALTH (CZ.02.1.01/0.0/0.0/16_013/0001776), UP CIISB (CZ.02.1.01/0.0/0.0/18_046/0015974), a ELIBIO (CZ.02.1.01/0.0/0.0/15_003/0000447)

Děkování v publikacích

Uživatelé Centra molekulární struktury jsou povidni v publikacích uvádět poděkování CIISB v následující formě: We acknowledge CMS-Biocev ("Biophysical techniques, Crystallization, Diffraction, Structural mass spectrometry”) supported by MEYS CR (LM2018127).

Jak se přihlásit k měření: https://stigmator.ceitec.muni.cz/project_form/

Česká infrastruktura pro integrativní strukturní biologii https://www.ciisb.org/

Webové stránky CMS na BIOCEV https://www.biocev.eu/cs/infrastruktury-a-servisni-laboratore/centrum-molekularni-struktury.3

Konsorcium evropské výzkumné infrastruktury http://www.instruct-eric.eu/centre/biocev/

Prosím kontaktujte Ing. Jan Dohnálek, Ph.D. pro vice informací.

Dzmitruk Volha

+420 325 873 789

Charnavets Tatsiana, Ph.D.

+420 325 873 789

Klepoch Marco

+420 325 873 788

Nepokojová Tereza, Mgr.

+420 325 873 769

Pavlíček Jiří, RNDr., Ph.D.

+420 325 873 787

Pompach Petr, RNDr., Ph.D.

+420 325 873 785

Stránský Jan, Ing., Ph.D.

+420 325 873 788

Vaňková Pavla, Mgr., Ph.D.

+420 325 873 785

CF Biophysical methods

Characterisation of intermolecular interactions
- Calorimetry
- Surface plasmon resonance
- Microscale thermophoresis
Charcterisation of molecular state in solution
- CD spectrometry
- Dynamic light scattering
- Diferential scanning fluorescence
Time resolved spectroscopies

CF Crystallization of Proteins and Nucleic Acids

Classical and robotic crystallogenesis with remote experiment monitoring in three dedicated laboratories with strictly controlled temperature regimes with full backup
- Room temperature
- Cold room
- Warm room
Automated screening of variation of crystallization conditions and its effects
- Room temperature
- Cold room
Anaerobic crystallization and manipulation of biomacromolecules

CF Diffraction Methods

Single crystal X-ray diffraction
- Cryo conditions
- Room temperature
- Controlled humidity or crysal dehydratation
- In-situ in crystallization plates
Small angle X-ray scattering
- Characterization in solution
- Automatic measurements
- In-situ UV-Vis spectroscopy
- SEC-SAXS

CF Structural Mass Spectrometry

Separation of protein mixtures
Intact protein analysis
Peptide/protein/metabolite profiling
Protein identification
Characterization of protein modifications
Protein/metabolite quantification
Protein surface covalent labelling
Chemical cross-linking
H/D exchange
Data processing and interpretation of mass spectrometric data

CF Biophysical Methods

contact: Tatsiana Charnavets

Surface Plasmon Resonance (SPR) system ProteOn XPR36 (BioRad)
Circular dichroism (CD) spectrometer Chirascan Plus (Applied Photophysics)
Monolith microscale thermophoresis (MST) NT.115 (Nano Temper)
Monolith microscale label free thermophoresis NT.LabelFree (Nano Temper)
Isothermal titration calorimeter MicroCal iTC200 (Malvern Panalytical)
Dynamic light scattering (DLS) technique Zetasizer Nano ZS90 (Malvern Panalytical)
Multi-angle dynamic light scattering (MADLS) technique Zetasizer Ultra (Malvern Panalytical)
Differential scanning fluorescense (DSF) assay Prometheus NT.48 (Nano Temper)
UV/Vis Spectrometer Specord 50 Plus (Analytica Jena)
Modular fluorescence spectrometer FLS1000 (Edinburgh Instruments)
with SuperK EXTREME, a supercontinuum white light laser (NKT Photonics)
FTIR spectrometer Vertex 70v (Bruker)
SPARK (TECAN)
OCTET R8 (Sartorius)

CF Crystallization of proteins and nucleic acids

contact: Jiří Pavlíček

Crystallization robots
- Gryphon (Art Robbins)
- NT8 (Formulatrix)
General purpose pipetting robot OT-2 (Opentrons)
Crystallization hotel RI1000 (Formulatrix)
Crystallization hotel RI182 (Formulatrix) in low temperature
Stereomiroscopes (Olympus)
Cold room, warm room
Cryo storage for crystals
Glovebox with stereomicroscope (GS)
SpectroLight 600 (Xtal Concepts)
SONICC (Formulatrix)
Vitrobot (Thermo Scientific)

CF Diffraction techniques

contact: Jan Stránský

D8 Venture (Bruker)
- MetalJet D2 X-ray source (Excillum)
- 4-circle goniometer
- Detector Photon III 28
- CryoStream 800 (Oxford Cryoscience)
- In-situ plate holder ISX stage (Bruker)
- Hummidity control HClab (Arinax)
SAXSpoint 2.0
- MetalJet C2+ Xray source (Excillum)
- Detector EIGER R 1M (Dectris)
- ASX autosampler
- CaryUV 60 (Agillent)
- AktaGO (GE Healthcare)