Technologie pro strukturní a biofyzikální analýzu biomolekul
Uživatelé Centra molekulární struktury jsou povinni v publikacích uvádět poděkování CIISB v následující formě:
CIISB, Instruct-CZ Centre of Instruct-ERIC EU consortium, funded by MEYS CR infrastructure project LM2023042 and European Regional Development Fund-Project „UP CIISB“ (No. CZ.02.1.01/0.0/0.0/18_046/0015974), is gratefully acknowledged for the financial support of the measurements at the CF [name of the unit/CF].
Všechny přístroje jsou v provozu
ISIDORe – Otevřeno pro přihlášky
Projekt ISIDORe - "Integrated Services for Infectious Disease Outbreak Research” oficiálně začal v únoru 2022 a nyní je možné podávat přihlášky uživatelských projektů. Evropský projekt s financováním v celkové výši 21 mil. € propojuje nebývalé portfolio špičkových výzkumných služeb a technologií aplikovatelných na lidské zdraví, pro základní i aplikovaný výzkum. Projekt je dedikovaný studiu nemocí s epidemickým potenciálem, včetně variant SARS-CoV-2.
Více informací a přihláškový formulář najdete na https://isidore-project.eu
MOSBRI – Nová evropská výzkumná infrastruktura pro molekulární biofyziku
Program Evropské unie Horizont 2020 INFRAIA udělil grant ve výši 5 milionů EUR projektu MOSBRI (Molecular-Scale Biophysics Research Infrastructure, https://www.mosbri.eu). Jedná se o konsorcium 13 akademických center excelence a 2 průmyslových partnerů z 11 různých evropských zemí, koordinovaných Pasteur Institutem (Paříž, Francie). Jedním z partnerů projektu je Biotechnologický ústav AV ČR, v. v. i. z centra BIOCEV.
MOSBRI umožní vytvořit výzkumnou infrastrukturu kombinující unikátní přístroje a odbornost jednotlivých partnerských laboratoří, což umožní řešit neobvykle širokou škálu otázek výzkumu biologických věd. Rovněž bude šířit své know-how prostřednictvím rozsáhlého programu vzdělávacích seminářů a konferencí, zvláště vhodných pro začínající výzkumné pracovníky a všechny, pro které je tento obor něčím novým.
Projekt MOSBRI bude zahájen 1. července 2021.
Přihlašovaní projektů pro produkci proteinů je nyní možné pomocí standardního formuláře na webu CIISB. Detaily v zde.
Automatický screening krystalizařních podmínek je nyní možný i za snížené teploty, díky novému krystalizačnímu hotelu RI182. Hotel je nyní dostupný uživatelům. Více informací zde.
CF Hmotnostní spektrometrie byla posílena pořízením přístroje timsTOF Pro.
Řady přístrojů v CMS v červnu rozšířil pipetovací robot OT-2 od firmy Opentrons. Tato otevřená platforma umožňuje aplikace v celé řadě úloh. V CMS bude pomáhat zejm. při přípravě experimetů pro CF Biofyzikální Metody a CF Kraystalizace protein a nukleových kyselin.
Laboratoř Dr. Bouři (ÚOCHB Praha) realizovala měření pro svou studii komplexu SARS-CoV-2 methyltransferasy v difrakční facilitě CMS. Jejich výsledky publikované v Nat Commun 11, 3717 (2020). https://doi.org/10.1038/s41467-020-17495-9, ukazují vysokou konzervovanost aktivního místa tohoto komplexu mezi viry SARS-CoV-2 a SARS-CoV.
Centrum molekulární struktury (CMS) poskytuje špičkové vybavení, expertízu a služby pro charakterizaci biologických molekul a pro strukturní analýzu. CMS nabízí služby v režimu Open Access pro interní uživatele z BTÚ, pro ostatní akademické pracovníky a pro zákazníky z oblasti průmyslu. Pracoviště jsou provozována jako součást České infrastruktury pro integrativní strukturní biologii (CIISB) a patří pod české národní centrum evropské výzkumné infrastruktury INSTRUCT ERIC. Servisní pracoviště školí české a zahraniční studenty a mladé vědce formou různých workshopů po celý rok.
Uživatelé Centra molekulární struktury jsou povinni v publikacích uvádět poděkování CIISB v následující formě:
CIISB, Instruct-CZ Centre of Instruct-ERIC EU consortium, funded by MEYS CR infrastructure project LM2023042and European Regional Development Fund-Project „UP CIISB“ (No. CZ.02.1.01/0.0/0.0/18_046/0015974), is gratefully acknowledged for the financial support of the measurements at the CF [name of the unit/CF].
Nebo ve zkrácené variantě:
We acknowledge CMS-Biocev ("Biophysical techniques, Crystallization, Diffraction, Structural mass spectrometry”) of CIISB, Instruct-CZ Centre, supported by MEYS CR (LM2023042) and CZ.02.1.01/0.0/0.0/18_046/0015974.
Servisní pracoviště Biofyzikální metody
Servisní pracoviště Biofyzikální metody umožňuje stanovení kvality, stability a interakčních vlastností stovek biomolekulárních vzorků v rámci mnoha strukturně-biologických projektů, ať už v rámci běžné kontroly kvality, detailní analýzy vlastností nebo optimalizace molekulárních konstruktů či pracovních protokolů.
Servisní pracoviště Krystalizace proteinů a nukleových kyselin
Servisní pracoviště Krystalizace proteinů a nukleových kyselin umožňuje uskutečnění tisíců krystalizačních pokusů za použití robotického nebo manuálního nasazování, automatický monitoring růstu krystalů, experimenty za zvolených teplot nebo za definovaných podmínek, za účelem přípravy vzorků k dalším krystalografickým studiím.
Servisní pracoviště Difrakční techniky
Servisní pracoviště Difrakční techniky se věnuje difrakční analyze a nabízí ověřování kvality krystalů, testování krystalů in situ, sběr a zpracování difrakčních dat z monokrystalů, měření maloúhlové difrakce (SAXS) s robotických nasazením vzorku a online UV-VIS detekcí, a zpracování dat ze SAXSu. Za rok jsou zpracovány stovky vzorků buď samotnými uživately nebo za pomoci našich zaměstnanců.
Servisní pracoviště Hmotnostní spektrometrie
Servisní pracoviště Hmotnostní spektrometrie poskytuje analýzu stovek vzorků a podporuje mnoho interních a externich strukturně-biologických projektů. Hlavním zaměřením služeb je monitorováni strukturních změn proteinů a protein-proteinové interakce pomocí chemického zesíťování a vodík-deuteriové výměny.
Servisní pracoviště Produkce proteinů poskytuje služby pokrývající klonování DNA a přípravu DNA plazmidů, expresi proteinů v expresních systémech bakterií E. coli a purifikaci rekombinantních proteinů. Naše služby mohou zahrnovat i optimalizaci expresních a purifikačních protokolů, ověřování identity a čistoty produkovaných proteinů a měření jejich koncentrací.
Poděkování
Centrum molekulární struktury je finančně podporováno z projektu MEYS (LM2018127), Česká infrastruktura pro integrativní strukturní biologii (CIISB), CIISB4HEALTH (CZ.02.1.01/0.0/0.0/16_013/0001776), UP CIISB (CZ.02.1.01/0.0/0.0/18_046/0015974), a ELIBIO (CZ.02.1.01/0.0/0.0/15_003/0000447)
Jak se přihlásit k měření: https://stigmator.ceitec.muni.cz/project_form/
Česká infrastruktura pro integrativní strukturní biologii https://www.ciisb.org/
Webové stránky CMS na BIOCEV https://www.biocev.eu/cs/infrastruktury-a-servisni-laboratore/centrum-molekularni-struktury.3
Konsorcium evropské výzkumné infrastruktury https://www.instruct-eric.eu/centre/biocev/
Prosím kontaktujte Ing. Jan Dohnálek, Ph.D. pro vice informací.
contact: Tatsiana Charnavets
location: I1
CMSwiki (Biocev network only)
contact: Jiří Pavlíček
location: I1
CMSwiki (Biocev network only)
RockMakerWeb (remote crystallogenesis monitoring)
contact: Jan Stránský
location: I1
CMSwiki (Biocev network only)
contact: Petr Pompach
location: G1
CMSwiki (Biocev network only)
contact: Mária Trunsková, Miroslava Alblová
location: I1
CMSwiki (Biocev network only)
contact: Tatsiana Charnavets
contact: Jiří Pavlíček
contact: Jan Stránský
contact: Petr Pompach
contact: Mária Trundová, Miroslava Alblová
Naše laboratoře nabízejí řadu technik produkce, charakterizace a měření vzorků biologických makromolekul formou služby pro externí subjekty. Jakékoli dotazy směřujte na kontakty uvedené níže.
Nabídka služeb CMS ke stažení ZDE
Kontaky:
Centrum molekulární struktury
Ing. Jan Dohnálek, Ph.D.
Mgr. Magdalena Schneiderová
Biotechnologický ústav AV ČR, v. v. i.
Průmyslová 595
252 50 Vestec
Tel. 325 873 758, 325 873 703
E-mail: dohnalek@ibt.cas.cz, magdalena.schneiderova@ibt.cas.cz
Seznam školení, workshopů a kurzů je dostupný pouze v angličtině zde.
