GeneCore Facility

O nás

Naším posláním je propagovat a zpřístupnit pokročilou transkriptomiku všem výzkumníkům poskytováním technologií s nízkou vstupní bariérou. Jsme transkriptomičtí nadšenci, kteří propojují hluboké interdisciplinární znalosti z biologie, technologií a datové analýzy. Nepředáváme jen surová data; jsme Vašimi partnery od počátečního návrhu experimentu až po finální biologickou interpretaci, abychom zajistili úspěch Vašeho projektu.

• Více než 10 let zkušeností: Desetiletí praxe v rámci servisní laboratoře, průkopnická práce v oblasti single-cell a prostorové transkriptomiky a rozvoj výzkumu biomarkerů na bázi RNA.
• Ověřené postupy: Stovky úspěšných experimentů napříč různými typy vzorků a biologickými modely. Prošli jsme si fázemi „bolestivého ponaučení“ za Vás.
• Globální síť: Spolupracujeme se špičkovými světovými institucemi a předními dodavateli technologií.

Jste připraveni odemknout plný potenciál vašich RNA vzorků? Kontaktujte nás na adrese genecore@ibt.cas.cz, rádi s Vámi probereme vaše nápady a ukážeme vám, jak může naše expertíza urychlit Váš vědecký objev.

Poděkování

Žádáme všechny uživatele, aby v jakýchkoliv publikacích či prezentacích, které vznikly na základě práce provedené v GeneCore Facility, uvedli poděkování za naše služby. Příklad poděkování: "We acknowledge the support of the GeneCore Facility at the Institute of Biotechnology of the Czech Academy of Sciences for [popis konkrétní služby]."

Rovněž uvítáme, pokud nás budete informovat o nových publikacích, které vznikly s přispěním GeneCore Facility. Tyto publikace budou propagovány na sociálních sítích, zdůrazněny během seminářů pořádaných členy GeneCore Facility a zahrnuty do níže uvedeného seznamu publikací.

Vybrané publikace vzniklé za přispění GeneCore Facility:

Bulk RNA-seq

• HIF-1α limits myocardial infarction by promoting mitophagy in mouse hearts adapted to chronic hypoxia. Alanova P, Alan L, Opletalova B, Bohuslavova R, Abaffy P, Matejkova K, Holzerova K, Benak D, Kaludercic N, Menabo R, Di Lisa F, Ostadal B, Kolar F, Pavlinkova G. Acta Physiol (Oxf). 2024 Sep;240(9):e14202. doi: 10.1111/apha.14202. Epub 2024 Jul 17. PMID: 39016532.
• Complement C3a treatment accelerates recovery after stroke via modulation of astrocyte reactivity and cortical connectivity. Stokowska A, Aswendt M, Zucha D, Lohmann S, Wieters F, Morán Suarez J, Atkins AL, Li Y, Miteva M, Lewin J, Wiedermann D, Diedenhofen M, Torinsson Naluai Å, Abaffy P, Valihrach L, Kubista M, Hoehn M, Pekny M, Pekna M. J Clin Invest. 2023 May 15;133(10):e162253. doi: 10.1172/JCI162253. PMID: 36995772.
• ISL1 controls pancreatic alpha cell fate and beta cell maturation. Bohuslavova R, Fabriciova V, Lebrón-Mora L, Malfatti J, Smolik O, Valihrach L, Benesova S, Zucha D, Berkova Z, Saudek F, Evans SM, Pavlinkova G. Cell Biosci. 2023 Mar 10;13(1):53.
• Glioblastoma and cerebral organoids: development and analysis of an in vitro model for glioblastoma migration. Fedorova V, Pospisilova V, Vanova T, Amruz Cerna K, Abaffy P, Sedmik J, Raska J, Vochyanova S, Matusova Z, Houserova J, Valihrach L, Hodny Z, Bohaciakova D. Mol Oncol. 2023 Apr;17(4):647-663. doi: 10.1002/1878-0261.13389. Epub 2023 Feb 18. PMID: 36744875.
• ISL1 is necessary for auditory neuron development and contributes toward tonotopic organization. Filova I, Pysanenko K, Tavakoli M, Vochyanova S, Dvorakova M, Bohuslavova R, Smolik O, Fabriciova V, Hrabalova P, Benesova S, Valihrach L, Cerny J, Yamoah EN, Syka J, Fritzsch B, Pavlinkova G. Proc Natl Acad Sci U S A. 2022 Sep 13;119(37):e2207433119. doi: 10.1073/pnas.2207433119. Epub 2022 Sep 8. PMID: 36074819.
• Decoding the Transcriptional Response to Ischemic Stroke in Young and Aged Mouse Brain. Androvic P, Kirdajova D, Tureckova J, Zucha D, Rohlova E, Abaffy P, Kriska J, Valny M, Anderova M, Kubista M, Valihrach L. Cell Rep. 2020 Jun 16;31(11):107777. doi: 10.1016/j.celrep.2020.107777. PMID: 32553170.

Single-cell RNA-seq

• NEUROD1 reinforces endocrine cell fate acquisition in pancreatic development. Bohuslavova R, Fabriciova V, Smolik O, Lebrón-Mora L, Abaffy P, Benesova S, Zucha D, Valihrach L, Berkova Z, Saudek F, Pavlinkova G. Nat Commun. 2023 Sep 9;14(1):5554. doi: 10.1038/s41467-023-41306-6. PMID: 37689751.
• Cortical glia in SOD1(G93A) mice are subtly affected by ALS-like pathology. Filipi T, Matusova Z, Abaffy P, Vanatko O, Tureckova J, Benesova S, Kubiskova M, Kirdajova D, Zahumensky J, Valihrach L, Anderova M. Sci Rep. 2023 Apr 21;13(1):6538. doi: 10.1038/s41598-023-33608-y. PMID: 37085528.
• Transient astrocyte-like NG2 glia subpopulation emerges solely following permanent brain ischemia. Kirdajova D, Valihrach L, Valny M, Kriska J, Krocianova D, Benesova S, Abaffy P, Zucha D, Klassen R, Kolenicova D, Honsa P, Kubista M, Anderova M. Glia. 2021 Nov;69(11):2658-2681. doi: 10.1002/glia.24064. Epub 2021 Jul 27. PMID: 34314531.

Spatial transcriptomics

• Spatiotemporal transcriptomic map of ischemic brain injury. Zucha D, Abaffy P, Kirdajova D, Jirak D, Anderova M, Kubista M, Valihrach L. BioRxiv 2023.03.28.534553; doi: 10.1101/2023.03.28.534553.

Single-cell RT-qPCR

• The deletion of AQP4 and TRPV4 affects astrocyte swelling/volume recovery in response to ischemia-mimicking pathologies. Hermanova Z, Valihrach L, Kriska J, Maheta M, Tureckova J, Kubista M, Anderova M. Front Cell Neurosci. 2024 May 15;18:1393751. doi: 10.3389/fncel.2024.1393751. eCollection 2024. PMID: 38818517
• Compromised Astrocyte Swelling/Volume Regulation in the Hippocampus of the Triple Transgenic Mouse Model of Alzheimer's Disease. Tureckova J, Kamenicka M, Kolenicova D, Filipi T, Hermanova Z, Kriska J, Meszarosova L, Pukajova B, Valihrach L, Androvic P, Zucha D, Chmelova M, Vargova L, Anderova M. Front Aging Neurosci. 2022 Jan 27;13:783120. doi: 10.3389/fnagi.2021.783120. PMID: 35153718.
• High potassium exposure reveals the altered ability of astrocytes to regulate their volume in the aged hippocampus of GFAP/EGFP mice. Kolenicova D, Tureckova J, Pukajova B, Harantova L, Kriska J, Kirdajova D, Vorisek I, Kamenicka M, Valihrach L, Androvic P, Kubista M, Vargova L, Anderova M. Neurobiol Aging. 2020 Feb;86:162-181. doi: 10.1016/j.neurobiolaging.2019.10.009. Epub 2019 Oct 22. PMID: 31757575.
• Performance Comparison of Reverse Transcriptases for Single-Cell Studies. Zucha D, Androvic P, Kubista M, Valihrach L. Clin Chem. 2020 Jan 1;66(1):217-228. doi: 10.1373/clinchem.2019.307835. PMID: 31699702.
• A single-cell analysis reveals multiple roles of oligodendroglial lineage cells during post-ischemic regeneration. Valny M, Honsa P, Waloschkova E, Matuskova H, Kriska J, Kirdajova D, Androvic P, Valihrach L, Kubista M, Anderova M. Glia. 2018 May;66(5):1068-1081. doi: 10.1002/glia.23301. Epub 2018 Feb 2. PMID: 29393544.
• Generation of reactive astrocytes from NG2 cells is regulated by sonic hedgehog. Honsa P, Valny M, Kriska J, Matuskova H, Harantova L, Kirdajova D, Valihrach L, Androvic P, Kubista M, Anderova M. Glia. 2016 Sep;64(9):1518-31. doi: 10.1002/glia.23019. Epub 2016 Jun 24. PMID: 27340757.

Small RNA profiling

• Small RNA-Sequencing for Analysis of Circulating miRNAs: Benchmark Study. Androvic P, Benesova S, Rohlova E, Kubista M, Valihrach L. J Mol Diagn. 2022 Apr;24(4):386-394. doi: 10.1016/j.jmoldx.2021.12.006. Epub 2022 Jan 23. PMID: 35081459.
• Two-tailed RT-qPCR panel for quality control of circulating microRNA studies. Androvic P, Romanyuk N, Urdzikova-Machova L, Rohlova E, Kubista M, Valihrach L. Sci Rep. 2019 Mar 12;9(1):4255. doi: 10.1038/s41598-019-40513-w. PMID: 30862831.
• Two-tailed RT-qPCR: a novel method for highly accurate miRNA quantification. Androvic P, Valihrach L, Elling J, Sjoback R, Kubista M. Nucleic Acids Res. 2017 Sep 6;45(15):e144. doi: 10.1093/nar/gkx588. PMID: 28911110.

Služby

Zajišťujeme komplexní podporu pro každý projekt: experimentální design, zpracování vzorků, kontrolu kvality (QC), přípravu knihoven, sekvenování a analýzu dat. Díky tomu, že provozujeme nejširší spektrum pokročilých transkriptomických platforem v regionu střední a východní Evropy (CEE), zajišťujeme, že jsou tyto komplexní služby dostupné a dokonale přizpůsobené jak akademickým, tak externím komerčním uživatelům.

Bulk transkriptomika a biomarkery

• Cenově efektivní profilování: 3’ profilování a DRUG-seq optimalizovaný pro vysokokapacitní screening.
• Komplexní analýza RNA: Profilování full-length, small RNA a total RNA.
• Objevování biomarkerů: RNA fragmentomika a analýza malých RNA.
• Užitečná data: Kompletní datové reporty včetně pokročilé analýzy.

Single-Cell transkriptomika

• Flexibilní platformy: Využíváme čtyři hlavní komerční platformy pro pokrytí rozmanitých výzkumných potřeb.
• Vysoká citlivost: Smart-seq3xpress pro hloubkovou analýzu ve 384-jamkových destičkách.
• Univerzální vstupy: Kompatibilita s čerstvými, mraženými nebo fixovanými vzorky pomocí single-cell a single-nucleus postupů.
• Interaktivní výsledky: Součástí je analýza surových dat a export do intuitivního softwaru, který nevyžaduje programování (point-and-click).

Prostorová (spatial) transkriptomika

• Tkáňový kontext: Mapování genové exprese celého transkriptomu přímo v řezech tkání.
• Špičkové technologie: Přístup ke všem hlavním spatial platformám založeným na sekvenování.
• Na míru Vašim potřebám: Rozlišení a velikost čipu přizpůsobená specifikům vašeho výzkumu, kompatibilní s čerstvými i fixovanými vzorky.

Sekvenování a další podpora

• Chytré sekvenování: Přednostní přístup k hlavním platformám se sekvenační hloubkou přizpůsobenou Vašim skutečným potřebám, nikoliv jen dostupnosti přístrojů.
• Nákladová efektivita: Možnost sdílených sekvenačních běhů pro snížení celkových nákladů.
• Základní laboratorní služby: Extrakce RNA, kontrola kvality (včetně Oxford Nanopore), RT-qPCR a ddPCR.

Kontaktujte nás na genecore@ibt.cas.cz pro probrání vašich specifických požadavků a vypracování cenové nabídky na míru.

Upozornění: Výsledné ceny se liší pro interní, akademické a komerční uživatele. Pokročilá transkriptomika je navíc rychle se rozvíjející obor, kde se téměř každé čtvrtletí objevují nová a často nákladově efektivnější řešení. Vždy se s námi nejdříve poraďte – pomůžeme Vám zorientovat se v nejnovějších možnostech a najít nejefektivnější a cenově nejdostupnější technologii pro váš výzkum.

Vybavujeme Váš výzkum špičkovými platformami v oboru, které poskytují přesnost, rychlost a bezkonkurenční škálovatelnost – od izolace jednotlivých buněk až po realizaci masivních sekvenačních běhů.

• Sekvenování v jakémkoli měřítku: Přednostní přístup k platformám nové generace. Pro rozsáhlé experimenty využíváme Illumina NovaSeq X, společně se systémy Element AVITI 25 a MGI DNBSEQ-T1+ pro vysoce flexibilní a cenově dostupné sekvenování přesně na míru Vašemu projektu.
• Single-Cell přesnost: Pokročilá izolace buněk a příprava knihoven. Využíváme platformu CellenOne pro ultra přesné třídění jednotlivých buněk na základě obrazu a dávkování v nanolitrech, v kombinaci se systémy 10x Genomics Chromium X a certifikovaným příslušenstvím Illumina pro robustní vysokokapacitní droplet transkriptomiku.
• Vysokokapacitní validace: Naprostá flexibilita pro cílenou genovou expresi. Naše validační platformy zvládnou vše od rozsáhlého mikrofluidního screeningu (Standard BioTools Biomark X9) a absolutní kvantifikace pomocí Droplet Digital PCR (Bio-Rad QX200) až po standardní a 384-jamkovou qPCR (Bio-Rad CFX96 a CFX384).
• Nekompromisní kontrola kvality: Výjimečná data začínají u dokonalých vstupů. Pečlivě ověřujeme integritu nukleových kyselin a knihoven pomocí pokročilé kapilární elektroforézy (Agilent Fragment Analyzer 5200), abychom zaručili, že jsou vaše vzorky připraveny k sekvenování.

Podporované platformy a kity

Bulk Transcriptomics / Bulková transkriptomika

• QuantSeq 3’ mRNA-Seq Library Prep Kit (Lexogen)
• NEBNext® Ultra™ II RNA Library Prep Kit (New England Biolabs)
• NEBNext® Single Cell/Low Input RNA Library Prep Kit (New England Biolabs)
• RealSeq® Small RNA Library Prep Kit (RealSeq Biosciences)
• MERCURIUS™ BRB-seq Kits (Alithea Genomics)
• MERCURIUS™ DRUG-seq Kits (Alithea Genomics)
• RiboMarker® RNA Fragmentomics Kit (RealSeq Biosciences)

Single-Cell Transcriptomics / Single-cell transkriptomika

• Chromium Single Cell Gene Expression & Flex (10x Genomics)
• Illumina Single Cell 3' / PIPseq™ (Illumina / formerly Fluent Biosciences)
• Evercode™ Whole Transcriptome (QIAGEN / formerly Parse Biosciences)
• ScaleBio™ Single Cell RNA Kit (10x Genomics / formerly Scale Biosciences)
• Smart-seq3xpress (academic method/protocol)
• AVITI24™ Single-Cell Multiomics (Element Biosciences)

Spatial Transcriptomics / Prostorová Transkriptomika

• Visium Spatial Gene Expression (10x Genomics)
• Visium HD Spatial Gene Expression (10x Genomics)
• STOmics® / Stereo-seq (MGI/BGI)
• AVITI24™ Spatial Multiomics (Element Biosciences)

Sequencing / Sekvenování

• AVITI™ / AVITI24™ System (Element Biosciences)
• NovaSeq™ X Series (Illumina)
• DNBSEQ-T1+ (MGI/BGI)